3 Nisan 2017 Pazartesi

Brezilyalilarin Atalarina Dair Bir Tahmin Girisimi

Gecen ay yayinlanan bir makale gunumuz Brezilyalilarinin genomlarina bakarak populasyon oykulerini anlamaya calisiyor. 1538 bireyi, genomun varyasyon gosteren ~770.000 bolgesinde (single nucleotide polymorphism [SNP]) karakterize ediyor arastirmacilar. Bu verilerle once temel bilesenler analizi (Principle Component Analysis [PCA]) yapiyorlar. 1000 Genom populasyonlarini ayni pozisyonlara gore temel birlesenler analizine eklediklerinde (superimposing), ilk eksen Afrikali-Avrupali eksenine gore populasyonlari ayristiriyor. Dolayisiyla bu eksen Brezilyalilardaki Afrikali ve Avrupali genetik katkisina dair bilgi veriyor. Ikinci eksen ise Brezilyalilari genomlarindaki Amerikan yerlisi (Amerindian) katkisina gore ayiriyor. Bu eksende, gunumuz Amerikali populasyonlari arasinda Perulular gorece daha az karismis Amerikan yerlileri olarak one cikiyor.  

Daha sonra Brezilyalilara ait verilerle ADMIXTURE* analizi yapiyor arastirmacilar. ADMIXTURE analizi, genetik verileri yakinliklarina gore gruplandiriyor. Olusan gruplar, genellikle verilerin kaynaklandigi atasal populasyonlara dair bilgi veriyor. Brezilyalilar icin uc ayri atasal grubun genetik verileri en iyi anlattigini goruyor arastirmacilar. Daha sonra bu verileri kaynaklandiklari atasal gruplara gore ayiran arastirmacilar, bu uc ayri atasal gruba ait verilerle 1000 Genom populasyonlari arasinda ayrisma indeksine (fixation index [Fst]) bakiyorlar. Bu indeks populasyonlarin birbirlerine olan genetik uzaklilarini olcuyor. Arastirmacilar bu indeksi, gunumuz populasyonlari arasinda Brezilyalilarin atasal populasyonlarina en yakin olan populasyonlari bulmak icin kullaniyorlar. Kenya'da yasayan Luhyalar Afrikali kaynak populasyona en yakin olarak ortaya cikarken Avrupali kaynak populasyon icin Guney Avrupalilarin daha yakin oldugunu gorunuyor. Amerikan yerlisi kaynak populasyonun ise Los Angeles'da yasayan Meksikalilar, Kolombiyalilar ve Perulular oldugu gorunuyor. Bu kaynak populasyonlarla tekrar ADMIXTURE (supervised ADMIXTURE) analizi yapan arastimacilar, Brezilyalilardaki Avrupali genetik katkisini %56.8, Afrikali katkisini %22.9 ve Amerikan yerlisi katkisini %20.3 olarak tahmin ediyorlar.

Ozgur

*ADMIXTURE analizi, genetik verileri verinin icindeki varyasyonun yapisina gore gruplandiriyor.

"Genome-wide Analysis in Brazilians Reveals Highly Differentiated Native American Genome Regions - Mychaleckyi et al 2017 - Molecular Biology and Evolution"

Hiç yorum yok:

Yorum Gönder