10 Ekim 2017 Salı

Yeni Neandertal Genomu - Vindija Neandertali

Max Planck Evrimsel Antropoloji Enstitusunden arastirmacilar, gecen hafta yeni bir Neandertal genomunu yayinladilar. Yayinlanan Neandertal genomu, Hirvatistan’da, Vindija magarasinda bulunan Neandertal bireylerinden birine ait. Daha once Sibirya’da Altay daglarinda, Denisova magarasinda bulunan Neandertal orneginin (Altay Neandertali) genomu yuksek kalite dizilenmisti. Gene ayni ekip bu sefer Avrupali bir Neandertal’in (Vindija Neandertal’i) genomunu yuksek kalite dizilmeyi basardi.

Calismanin sonuclari ozetle soyle:

            -Genom disi bir bireye ait. X kromozomu ile otozomlar arasinda her bir baz basina dusen okuma miktari acisindan bir fark yok. Yani bu bireyin iki X kromozomu var, yani bu birey disi (XX). Birey erkek (XY) olsaydi, X kromozomuna ait her bir baz basina dusen okuma miktari otozomlarin yarisi kadar olurdu.

            -Hesaplanan heterozigosite orani  (heterozygosity) her bir nukleotit pozisyonu icin 1.6x10-4. Bu da ~3000 bireylik bir etkin populasyon buyuklugune (efective popution size: Ne) tekabul ediyor: 1.6x10-4 = 4 x Ne x 1.2x10-8(mutasyon hizi) ==> Ne ~= 3000.  (modern insanlarin etkin populasyon buyuklugu 10000 birey civari).

-Genomun uzerinde 2.5 megabazlik homozigot bolgeler var. Vindija Neandertal’inin ait oldugu populasyon, izole olmusluk ve akraba evlilikleri acisindan, bazi Amerikan yerlisi populasyonlara benziyor.


-Vindija Neandertal’i 52 bin yil once yasamis. Altay Neandertali 122 bin yil once, Denisova bireyi ise 72 bin yil once yasamis.

-Vindija Neandertali, Altay Neandertaliyle 130-145 bin yil once, Denisovalilarla 390-440 bin yil once, modern insanlarla da 520-630 bin yil once yasamis ortak atalara sahip. Yani bu tarihlerden itibaren Vindija Neandertaline giden soy diger soylardan ayriliyor.


-Arastirmacilar daha onceki calismalarda Denisovali genomunda izleri bulunan, hem Neandertallerden hem de Denisovalilardan daha once evrimlesmis bir hominin turunden (muhtemelen Homo erectus) Denisovalilara dogru gerceklesen gen akisina dair yeni kanitlar buluyorlar: Denisovalilar hem Altay Neandertaline hem de Vindija Neandertaline kiyasla modern Afrikalilarda gorunen turemis alellerden daha az tasiyorlar; yani Denisovali genomu iki Neandertal genomuna kiyasla daha yasli gorunuyor (bu da Denisovalilarin, daha once evrimlesmis bir hominin turunden aktarilan genetik materyal tasidiklari hipotezini destekliyor).

-Yukaridaki mantigi izleyerek Vindija ve Altay Neandertallerini birbirleriyle karsilastiran arastirmacilar, iki genom arasinda modern Afrikalilarla paylastiklari turemis alellerin orani acisindan bir farklilik goremiyorlar. Bu da Vindija ve Altay Neandertallerinin atalarinin modern insanlarla gerceklestirdikleri gen alisverisi acisindan bir farklilik gostermedigine isaret ediyor. Bu ise, daha once baska bir calismada gosterilen, modern insanlarin atalarindan Neandertallere dogru gerceklesen gen akisinin Vindija ve Altay Neandertallerinin atalarina dogru gerceklesmis olmasi gerektigini, yani 130-145 bin yildan once  gerceklestigini gosteriyor.



-Altay ve Vindija Neandertallerine ek olarak daha once Mezmaiskaya Neandertalinin genomu dusuk kalite dizilenmisti  (Mezmaiskaya Neandertali Kafkasya'da yasamis). Afrikali olmayan modern insan genomlariyla paylastiklari genetik materyal acisindan bu uc Neandertal genomunu karsilastiran arastirmacilar, Vindija ve Mezmaiskaya Neandertallerinin Afrikali olmayan modern insan genomlariyla daha fazla alel paylastiklarini goruyorlar. Ayrica bu iki genom arasinda bir fark goremiyorlar. Bu da Neandertallerden modern insanlara dogru Avrasya’da gerceklesen gen akisinin ~80-100 bin yil once, bu iki Neandertal bireyinin ortak atasindan dogru oldugunu gosteriyor.


-Arastirmacilar, Vindija Neandertalini kullanarak Avrupali olmayan insan genomlarinda % 1.8-2.6 civari Neandertal DNA’si tespit ediyorlar (Altay Neandertali kullanilarak yapilan son tespit, % 1.5-2.1 arasiydi). Ayrica baska bir metod ve gene Vindija Neandertalini kullanarak her bir bireyde 35-40 megabaz civari Neandertal DNA’si tespit ediyorlar (Altay Neandertali kullanilarak %10 daha az Neandertal DNA'si tespit edilmisti).



Ozgur

Hiç yorum yok:

Yorum Gönder